Waterhuis is een buurtschap in de gemeente Terneuzen, in de Nederlandse provincie Zeeland. De buurtschap bevindt zich in de regio Zeeuws-Vlaanderen, ligt ten zuiden van Drieschouwen en ten noorden van Bontekoe. Waterhuis bestaat uit een weg: Waterhuisstraat. De buurtschap bestaat uit een aantal boerderijen en een stuk bos. Ten oosten van de buurtschap ligt de Moerspuische Watergang, die Axel vroeger met de Grote Kreek verbond. Ook ten oosten van buurtschap ligt fort Sint Joseph en ten noordoosten van de buurtschap ligt fort Sint Jacob.